Het blijkt, dat in sommige gevallen de features-file voor Genbank niet goed wordt weggeschreven.

Problemen ontstaan wanneer

• niet alle sequenties even lang zijn
• de sequenties niet met een exon beginnen of eindigen

Bovendien is in het nieuwe bestand een controle opgenomen, mocht men bij de eerste exon-input 'CDS' vergeten te vermelden.
Genbank heeft de upload veranderd en de feature-file heeft een extra optie nodig, de gebruikte 'translation table'. In de nieuwe versie wordt deze optie automatisch toegevoegd.

De eerste stappen blijven hetzelfde. De sequenties worden ge-aligned met een referentie-sequentie. Deze referentie bevat de exon-posities.
Na het kopiëren van de exon-posities van referentie naar overige sequenties, kunnen de gaps worden verwijderd.

Wis de referentie-sequentie en bewaar de rest als fasta-file (calmodulin.fas)
Bewaar dezelfde file ook in pir-formaat (calmodulin.pir)
Exporteer de features (exon posities), zoals beschreven in de handleiding (calmodulin-features.txt)
Exporteer 'Spliced alignment' in fasta-formaat (calmodulin-exons.fas); dit opent een nieuw venster in BioEdit
Focus op dit venster en kies in het BioEdit menu: Sequence - Nucleic acid - Gap beginning to minimize stop codons in reading frame 1
Bewaar het bestand opnieuw (calmodulin-exons.fas )

Om de feature file (calmodulin-features.txt) te converteren naar Genbank formaat, volg de aanwijzingen in de handleiding.
Gebruik hiervoor het nieuwe Excel-bestand.
Bewaar de nieuwe feature-file als calmodulin-features-GB.txt

Zoals aangegeven op deze website gebruikt Genbank een aparte webpagina om het ribosomaal gen te deponeren. De annotatie wordt automatisch uitgevoerd. Dit bespaart ons veel tijd. De Excel-file is hier niet meer voor nodig; alleen de fasta-file.

Downloads:

GenBank v5.4.4
zondag 20 november 2016 15:51   Windows  188.02 KB  75	Download