Quinlan template

Menu
  • Start
    • ContactContact
      • Wie is ...?
  • Electronics
    • PICkit2 in Proton+
    • Arduino Cursus
      • ABC-Gids code
      • Arduino als programmer
      • Arduino bibliotheken
    • Boeken en handleidingen
      • ESP8266 nodemcu
      • Theorie
      • Raspberry Pi model B+
        • Contact met de buitenwereld
    • Webwinkels
    • Software electronica
    • Software downloads
    • LED-weerstand
    • Elektor
    • Printplaten maken
      • Soldeermasker aanbrengen
      • Belichtingstest
      • Viewlayout gebruiken
      • SMD solderen
    • Data-bladen
    • Raspberry Pi
      • Connecties
      • Videolessen
    • PIC microcontrollers
  • Projecten
    • PICkit2
    • GalvaWisp
    • DCF77 klok
      • DCF77-7seq
    • Christmas Star
    • Octa-LEDs
    • Snowflake
    • 5x5x5 Kubus
    • Simon says
    • Timer 220V
    • Rheinturm Uhr
      • Download Rheinturm
    • Ultrasone afstandsmeter
      • Download Ultrasoon
    • Klok via NTP met ESP8266
      • ESP8266 nodemcu
    • Rheinturm met LED-strip
    • WordClock RGB-strip
      • Download WordClock
    • Klok met gekleurde rand
  • Talen
    • Chinese les
      • Schrijfvolgorde
      • Zoek en schrijf
      • Karakters
    • Noors
      • Grammatikk
      • Idiom
      • Ordliste
      • Telwoorden en klok
    • Braziliaans
      • Grammatica - ww
      • Grammatica 2
      • Onregelmatige ww
      • Uitspraak
  • Foto/Video/Muziek
    • Favorieten
    • Electronica
      • Arduino Youtube
      • Electronica in praktijk
    • Youtube
  • Fylogenie
    • Web links
    • Werk
      • Galleria mellonella
      • DNA van FFPE tissue
      • Hemacytometer
      • Opslag chemicaliën
      • Chelex DNA from Anopheles
      • Software
      • Werk in uitvoering
      • Events
    • Phylogenetische bomen
      • Werkwijze
      • Similarity/identity
      • SequenceMatrix
      • Online conversie
      • PopART
      • Tree-Network in R
      • Phylo
        • Course
        • Phylogeny Software
    • Sequenties naar Genbank
      • Nieuwe Genbank upload
    • Protocollen
  • Bordercollies
    • Training
      • Training positive
    • Stamboom 'Quinlan'
    • Woordenboek van de hond
    • Een nieuw puppy
    • Clicker training
    • Bordercollie movies

Quinlan template

  • Start
    • ContactContact
      • Wie is ...?
  • Electronics
    • PICkit2 in Proton+
    • Arduino Cursus
      • ABC-Gids code
      • Arduino als programmer
      • Arduino bibliotheken
    • Boeken en handleidingen
      • ESP8266 nodemcu
      • Theorie
      • Raspberry Pi model B+
        • Contact met de buitenwereld
    • Webwinkels
    • Software electronica
    • Software downloads
    • LED-weerstand
    • Elektor
    • Printplaten maken
      • Soldeermasker aanbrengen
      • Belichtingstest
      • Viewlayout gebruiken
      • SMD solderen
    • Data-bladen
    • Raspberry Pi
      • Connecties
      • Videolessen
    • PIC microcontrollers
  • Projecten
    • PICkit2
    • GalvaWisp
    • DCF77 klok
      • DCF77-7seq
    • Christmas Star
    • Octa-LEDs
    • Snowflake
    • 5x5x5 Kubus
    • Simon says
    • Timer 220V
    • Rheinturm Uhr
      • Download Rheinturm
    • Ultrasone afstandsmeter
      • Download Ultrasoon
    • Klok via NTP met ESP8266
      • ESP8266 nodemcu
    • Rheinturm met LED-strip
    • WordClock RGB-strip
      • Download WordClock
    • Klok met gekleurde rand
  • Talen
    • Chinese les
      • Schrijfvolgorde
      • Zoek en schrijf
      • Karakters
    • Noors
      • Grammatikk
      • Idiom
      • Ordliste
      • Telwoorden en klok
    • Braziliaans
      • Grammatica - ww
      • Grammatica 2
      • Onregelmatige ww
      • Uitspraak
  • Foto/Video/Muziek
    • Favorieten
    • Electronica
      • Arduino Youtube
      • Electronica in praktijk
    • Youtube
  • Fylogenie
    • Web links
    • Werk
      • Galleria mellonella
      • DNA van FFPE tissue
      • Hemacytometer
      • Opslag chemicaliën
      • Chelex DNA from Anopheles
      • Software
      • Werk in uitvoering
      • Events
    • Phylogenetische bomen
      • Werkwijze
      • Similarity/identity
      • SequenceMatrix
      • Online conversie
      • PopART
      • Tree-Network in R
      • Phylo
        • Course
        • Phylogeny Software
    • Sequenties naar Genbank
      • Nieuwe Genbank upload
    • Protocollen
  • Bordercollies
    • Training
      • Training positive
    • Stamboom 'Quinlan'
    • Woordenboek van de hond
    • Een nieuw puppy
    • Clicker training
    • Bordercollie movies
  • DNA helix

    Voor de fylogenie van schimmels wordt gebruik gemaakt van DNA sequenties

  • Electronica projecten

    Een mooie hobby om zelf electronica projecten te solderen

  • Brazilië

    Veel watervallen zoals Foz do Iguacú

  • Noorwegen

    Fjorden

  • China

    De Lange Muur

  • Vliegenzwam

    Amanita muscaria - licht giftig

  • Histoplasma capsulatum

    Dimorfe schimmel dat ernstige infecties kan veroorzaken

  • Begin ->
  • Fylogenie ->
  • Nieuwe Genbank upload


Het blijkt, dat in sommige gevallen de features-file voor Genbank niet goed wordt weggeschreven.

Problemen ontstaan wanneer

  • niet alle sequenties even lang zijn
  • de sequenties niet met een exon beginnen of eindigen


Bovendien is in het nieuwe bestand een controle opgenomen, mocht men bij de eerste exon-input 'CDS' vergeten te vermelden.
Genbank heeft de upload veranderd en de feature-file heeft een extra optie nodig, de gebruikte 'translation table'. In de nieuwe versie wordt deze optie automatisch toegevoegd.


De eerste stappen blijven hetzelfde. De sequenties worden ge-aligned met een referentie-sequentie. Deze referentie bevat de exon-posities.
Na het kopiëren van de exon-posities van referentie naar overige sequenties, kunnen de gaps worden verwijderd.

Wis de referentie-sequentie en bewaar de rest als fasta-file (calmodulin.fas)
Bewaar dezelfde file ook in pir-formaat (calmodulin.pir)
Exporteer de features (exon posities), zoals beschreven in de handleiding (calmodulin-features.txt)
Exporteer 'Spliced alignment' in fasta-formaat (calmodulin-exons.fas); dit opent een nieuw venster in BioEdit
Focus op dit venster en kies in het BioEdit menu: Sequence - Nucleic acid - Gap beginning to minimize stop codons in reading frame 1
Bewaar het bestand opnieuw (calmodulin-exons.fas )

Om de feature file (calmodulin-features.txt) te converteren naar Genbank formaat, volg de aanwijzingen in de handleiding.
Gebruik hiervoor het nieuwe Excel-bestand.
Bewaar de nieuwe feature-file als calmodulin-features-GB.txt

Zoals aangegeven op deze website gebruikt Genbank een aparte webpagina om het ribosomaal gen te deponeren. De annotatie wordt automatisch uitgevoerd. Dit bespaart ons veel tijd. De Excel-file is hier niet meer voor nodig; alleen de fasta-file.


Downloads:
xlsm-134 GenBank v5.4.4
Date-134zondag 20 november 2016 15:51 System-134  Windows File Size-134 188.02 KB Download-134 79 Download

 

 Exon annotatie in BioEdit

 

Features conversie

# online

We have 480 guests and no members online

  • 3148 Fylogenetische boom maken Shared by Super User
  • 2708 Phylogeny course Shared by Super User
  • 2589 Protocollen Shared by Super User
  • 1368 CBS-KNAW Shared by Super User
  • 1319 Phylo Shared by Super User
  • 1162 Werkwijze Shared by Super User
Fylogenetische boom maken
Fylogenetische boom maken
Voordat je een fylogenetische boom wilt maken, moet je er zeker van zijn, dat de 'alignment' van de...

Read more

Phylogeny course
Phylogeny course
Introduction This course is meant to work with different kinds of alignment programs and tree contr...

Read more

Werkwijze
Werkwijze
        Fylogenetische analyse Er zijn meerdere wegen, die naar Rome leid...

Read more