PhyloMain

een All-in-One fylogenetisch programma

Er zijn 3 alignment programma's beschikbaar: muscle, clustalw, mafft.
Na de alignment kunnen fylogenetische bomen worden gemaakt met de snelle IQ-tree en FastTree of RaxML en MrBayes, die veel langzamer zijn.
Wanneer de bomen zijn gegenereerd, worden ze geopend in FigTree. Via deze websites kan al naar nieuwere versies worden gezocht.

Stel je hebt een folder D:\Programma. Plaats het gedownloade zip-bestand hierin en unzip het hier. Een nieuwe folder is aangemaakt met de benodigde programmatuur. De folder 'PhyloMain' bevat nog twee subfolders: 'Examples' en 'Progs'.

Het programma kan gestart worden door op PhyloMain.exe te klikken.
Klik met de rechter muisknop op 'PhyloMain.exe' en maak een snelkoppeling. Deze kan op het bureaublad worden geplaatst om het Phylo programma te starten of worden vastgemaakt aan 'Start' (Windows 10).

In 'Progs' staan al geïnstalleerde programma's, die PhyloMain gebruikt; aparte installatie is dan niet nodig.
Deze programma's moeten bij de eerste start van PhyloMain worden gelinkt.
Als je meteen gebruik wilt maken van PhyloMain verplaatst dan de 'Progs' folder naar C:\Users\Public (C:\Gebruikers\Openbaar).

Opmerking: gebruik geen spaties in folder- en bestandsnamen; veel software weet hiermee niet om te gaan. Gebruik van het 'underscore' karakter _ is beter.

Download PhyloMain pakket:
Updated: 2020-11-15

Als je alleen het PhyloMain programma wilt updaten, omdat je al een keer het pakket hebt gedownload:

Dit pakket wordt gebruikt bij de fylogenie-cursus op deze website.

Bij de start wordt het hoofdscherm getoond met menu-opties.

Selecteer 'Application - Assign programs' om de verschillende links naar de programma's in de Progs folder te maken.
B.v. de 'PhyloMain' folder en subfolders zijn geïnstalleerd op D:\Programma: de 'Progs directory' is D:\Programma\PhyloMain\Progs.

Als je de 'Progs' folder naar C:\Users\Public hebt verhuisd, dan kun je deze stap overslaan.

Met 'Exit PhyloMain' uit het menu kan de applicatie worden gesloten.

Assign programs

Klik op 'Save/Update' om de links op te slaan. De applicatie is nu klaar voor gebruik.

Het komt voor dat van sommige programma's een update wordt vrijgegeven. Zorg er dan voor dat de link naar de ge-update versie verwijst, tenzij het programma met dezelfde naam in dezelfde folder wordt geïnstalleerd.

Set program parameters

Normaal wordt voordat een programma wordt gestart een venster weergegeven met de ingestelde parameters. Als die niet getoond moeten worden, zet dan een vinkje in de checkbox 'Don't show parameter window'.