Fylogenetische analyse

Er zijn meerdere wegen, die naar Rome leiden. Om volledige vrijheid te hebben bij het gebruik van verschillende programma's dan staat op deze webpagina de werkwijze.
Het is mogelijk om een 'one-click' procedure te starten: van alignen tot fylogenetische boom via deze link.

Werkwijze

1. Sequentie verzamelen, evt. met een referentie-sequentie in fasta formaat

2. Align de sequentie met een hulprogramma, bijv. Muscle, MAFFT etc.

3. Controleer, indien mogelijk, de alignment handmatig

4. Zijn er exons aanwezig? Deze kunnen worden aangegeven en apart bewaard

5. Maak een fylogenetische boom met hulpprogramma, bijv. MEGA7, MrBayes, RaxML of Cipres portal