PhyloMain v6.4

een All-in-One fylogenetisch programma

Er zijn 3 alignment programma's beschikbaar: muscle, clustalw, mafft.
Na de alignment kunnen fylogenetische bomen worden gemaakt met de snelle IQ-tree en FastTree of RaxML en MrBayes, die veel langzamer zijn.
Wanneer de bomen zijn gegenereerd, worden ze geopend in FigTree. Via deze websites kan al naar nieuwere versies worden gezocht.

Stel je hebt een folder D:\Programma. Plaats het gedownloade zip-bestand hierin en unzip het hier. Een nieuwe folder is aangemaakt met de benodigde programmatuur. De folder 'PhyloMain' bevat nog twee subfolders: 'Examples' en 'Manual'.

Het programma kan gestart worden door op PhyloMain.exe te klikken.
Klik met de rechter muisknop op 'PhyloMain.exe' en maak een snelkoppeling. Deze kan op het bureaublad worden geplaatst om het Phylo programma te starten of worden vastgemaakt aan 'Start' (Windows 10).

In 'Progs' staan al geïnstalleerde programma's, die PhyloMain gebruikt; aparte installatie is dan niet nodig.
Deze programma's moeten bij de eerste start van PhyloMain worden gelinkt.
Als je meteen gebruik wilt maken van PhyloMain verplaatst dan de 'Progs' folder naar C:\Users\Public (C:\Gebruikers\Openbaar).

Opmerking: gebruik geen spaties in folder- en bestandsnamen; veel software weet hiermee niet om te gaan. Gebruik van het 'underscore' karakter _ is beter.


Download PhyloMain pakket:

Download 'Progs' folder met gebruikte software:

 

Dit pakket wordt gebruikt bij de fylogenie-cursus op deze website.

Bij de start wordt het hoofdscherm getoond met menu-opties.

 0-PhyloMain

Selecteer 'Application - Assign programs' om de verschillende links naar de programma's in de Progs folder te maken.
B.v. de 'PhyloMain' folder en subfolders zijn geïnstalleerd op D:\Programma: de 'Progs directory' is D:\Programma\PhyloMain\Progs.

Als je de 'Progs' folder naar C:\Users\Public hebt verhuisd, dan kun je deze stap overslaan.

Met 'Exit PhyloMain' uit het menu kan de applicatie worden gesloten.

 

Assign programs

1-Assign

Klik op 'Save/Update' om de links op te slaan. De applicatie is nu klaar voor gebruik.

Het komt voor dat van sommige programma's een update wordt vrijgegeven. Zorg er dan voor dat de link naar de ge-update versie verwijst, tenzij het programma met dezelfde naam in dezelfde folder wordt geïnstalleerd.

Set program parameters

Normaal wordt voordat een programma wordt gestart een venster weergegeven met de ingestelde parameters. Als die niet getoond moeten worden, zet dan een vinkje in de checkbox 'Don't show parameter window'.



Alignment

Start alignment

In alle volgende vensters kan met drag&drop het bestand voor openen worden gekozen. De 'Save' velden hebben dit niet; gebruik hiervoor het icoontje of dubbel-klik op het tekstveld.

Kies boven in het menu het 'Start alignment:'. B.v. Muscle en stel de parameters in voor de alignment methode.

Muscle: -diags kan worden ingesteld als de data-set veel 'identieke' sequenties bevat. Het aantal iteraties is afhankelijk van grootte en complexiteit van de data-set. Het aantal iteraties kan worden verhoogd, bv. naar 16, maar het programma zal de alignment afbreken wanneer geen betere alignment bereikt kan worden bv. na 8 iteraties.

MAFFT: het aantal iteraties staat hier op 100. 'Reorder' zal de alignment bewaren op basis van sequentie-overeenkomsten. Met -auto zal MAFFT proberen de best mogelijke methode te vinden voor alignment. De gebruiker kan ook zelf aangeven welke methode wordt gebruikt:

global alignment - alle residues kunnen worden ge-aligned over de totale lengte.

XXXXXXXXXXX-XXXXXXXXXXXXXXX
XX-XXXXXXXXXXXXXXX-XXXXXXXX
XXXXX----XXXXXXXX---XXXXXXX
XXXXX-XXXXXXXXXX----XXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXX----XXXXXXX

local alignment - de dataset bevat één alignbaar domain geflankeerd door niet-alignbare residues.

ooooooooooooooooooooooooooooooooXXXXXXXXXXX-XXXXXXXXXXXXXXX------------------
--------------------------------XX-XXXXXXXXXXXXXXX-XXXXXXXXooooooooooo-------
------------------ooooooooooooooXXXXX----XXXXXXXX---XXXXXXXooooooooooo-------
--------ooooooooooooooooooooooooXXXXX-XXXXXXXXXX----XXXXXXXoooooooooooooooooo
--------------------------------XXXXXXXXXXXXXXXX----XXXXXXX------------------

affine gaps - de dataset bevat alignbare en niet-alignbare domains, waarbijk de niet-alignbare domains niet worden ge-aligned.

oooooooooXXX------XXXXooooooooooo---------------oooooooXXXXXooooooooooooooooo--ooooooooooooooo
---------XXXXX----XXXXoooooooooooooooooooooooooooooooooXXXXX-ooooooooooooooooooooooo----------
oooooooo-XXXXX----XXXX---------------------------------XXXXX---oooooooooo--oooooooooooo-------
---------XXXXXX---XXXX---------------------------------XXXXX----------------------------------
---------XXXXXXXXXXXXX---------------------------------XXXXX----------------------------------
---------XX-------XXXX---------------------------------XXXXX----------------------------------

ClustalW: bij kleine datasets is een iteratie van 3-5 voldoende. Dit kan worden verhoogd en ClustalW zal de alignment afbreken als de optimale alignment is bereikt.

 

Export selection

Deze optie maakt het mogelijk om een gedeelte van een alignment te exporteren op basis van de stamnaam.

Open een fasta alignment en geef een naam voor de geselecteerde sequentie. Stel het bestand bevat soorten van de genera Candida, Saccharomyces, Cryptococcus.
Exporteer alleen Candida: type 'Candida' in het 'Export sequences' veld zonder de aanhalingstekens.

Als de beginregel van de sequentie informatie bevat gescheiden dor een 'split character' dan is het mogelijk sommige gegevens weg te laten door 'Reduce strain info' aan te vinken.
Stel de beginregel bevat: >KT3054-4|Candida albicans|Metznikoviaceae|Saccharomycotina

Hier wordt | als 'split character' gebruikt. Selecteer dit teken. Een lijst wordt weergegeven van de verschillende items met een checkbox ervoor.
Vink het nummer KT3054-4 en naam 'Candida albicans' aan om alleen deze gegevens van alle geselecteerde sequenties te exporteren.

Klik op 'Export selection'. Het totaal aantal geëxporteerde sequenties wordt aangegeven.

Door 'Append to list' aan te vinken kan eventueel een volgende zoekopdracht aan het bestand worden toegevoegd.
Zo niet, dan zal een volgende zoekopdracht de vorige selectie overschrijven.

 

Likelihood mapping analysis

 

Dit programma is een onderdeel van IQ-tree en calculeert de betrouwbaarheid van een alignment.

Merge two sequence files




Dit programma is een onderdeel van MAFFT en combineert twee fasta files en start een alignment met MAFFT parameters.

Convert sequence format

Er zijn verschillende conversie-programma's waaronder 'ReadSeq'. Een goede applicatie via internet is ALTER.



Build tree

Start MrBayes

 

Create IQ-tree

 

Run RaxML



FastTree



SequenceMatrix

Dit opent een standalone programma. Om dit programma te kunnen gebruiken, moet een versie van Java op de computer worden geïnstalleerd.

Een voorbeeld van 4 'concatenated' markers:

 

Similarity/Identity

Dit opent een standalone programma om een matrix van similarity/identity waardes te krijgen, die naar Excel kunnen worden geëxporteerd.



 

DnaSP->PopArt

 

Start PaupUp

Dit opent een stanalone programma om PAUP files te verwerken. Dit is het PaupUp venster:

 

SATé program

Dit opent een standalone programma om sequenties te alignen m.b.v. fylogenetische bomen.

 16



1-Click

 

 



Partition file


Hompart PAUP file

Om een hompart PAUP file te gebruiken, is het noodzakelijk om -Add 'charpartition'- aan te vinken.

 

 



Tiplabels


Er zijn programma's, die niet overweg kunnen met spaties of haakjes of komma's etc. Ook lange namen en andere info in het fasta of tree bestand geeft soms problemen.
Gebruik maken van alleen een nummer voorkomt deze problemen, maar bemoeilijkt  het herkennen van stammen later in alignments en bomen.

Met 'Change strain label' kunnen namen van stammen, maar ook extra informatie worden toegevoegd aan fasta en boom bestanden.
De informatie wordt in een Excel bestand bewaard. De eerste twee kolommen (groen) in dit bestand zijn verplicht: het nummer zoals gebruikt in het fasta of boom-bestand en de species naam.
De andere kolommen (geel) kan worden ingevuld naar behoefte, zoals source, country, other collection numbers, antimycotic resistance etc.

In de 'Examples' folder staat een Excel template, Data_template.xlsx.

 

 

 



Genbank search

 



GBlocks

 



Flowchart