Alignment

Start alignment

In alle volgende vensters kan met drag&drop het bestand voor openen worden gekozen. De 'Save' velden hebben dit niet; gebruik hiervoor het icoontje of dubbel-klik op het tekstveld.

Kies boven in het menu het 'Start alignment:'. B.v. Muscle en stel de parameters in voor de alignment methode.

Muscle: -diags kan worden ingesteld als de data-set veel 'identieke' sequenties bevat. Het aantal iteraties is afhankelijk van grootte en complexiteit van de data-set. Het aantal iteraties kan worden verhoogd, bv. naar 16, maar het programma zal de alignment afbreken wanneer geen betere alignment bereikt kan worden bv. na 8 iteraties.

MAFFT: het aantal iteraties staat hier op 100. 'Reorder' zal de alignment bewaren op basis van sequentie-overeenkomsten. Met -auto zal MAFFT proberen de best mogelijke methode te vinden voor alignment. De gebruiker kan ook zelf aangeven welke methode wordt gebruikt:

global alignment - alle residues kunnen worden ge-aligned over de totale lengte.

XXXXXXXXXXX-XXXXXXXXXXXXXXX
XX-XXXXXXXXXXXXXXX-XXXXXXXX
XXXXX----XXXXXXXX---XXXXXXX
XXXXX-XXXXXXXXXX----XXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXX----XXXXXXX

local alignment - de dataset bevat één alignbaar domain geflankeerd door niet-alignbare residues.

ooooooooooooooooooooooooooooooooXXXXXXXXXXX-XXXXXXXXXXXXXXX------------------
--------------------------------XX-XXXXXXXXXXXXXXX-XXXXXXXXooooooooooo-------
------------------ooooooooooooooXXXXX----XXXXXXXX---XXXXXXXooooooooooo-------
--------ooooooooooooooooooooooooXXXXX-XXXXXXXXXX----XXXXXXXoooooooooooooooooo
--------------------------------XXXXXXXXXXXXXXXX----XXXXXXX------------------

affine gaps - de dataset bevat alignbare en niet-alignbare domains, waarbijk de niet-alignbare domains niet worden ge-aligned.

oooooooooXXX------XXXXooooooooooo---------------oooooooXXXXXooooooooooooooooo--ooooooooooooooo
---------XXXXX----XXXXoooooooooooooooooooooooooooooooooXXXXX-ooooooooooooooooooooooo----------
oooooooo-XXXXX----XXXX---------------------------------XXXXX---oooooooooo--oooooooooooo-------
---------XXXXXX---XXXX---------------------------------XXXXX----------------------------------
---------XXXXXXXXXXXXX---------------------------------XXXXX----------------------------------
---------XX-------XXXX---------------------------------XXXXX----------------------------------

ClustalW: bij kleine datasets is een iteratie van 3-5 voldoende. Dit kan worden verhoogd en ClustalW zal de alignment afbreken als de optimale alignment is bereikt.

 

Export selection

Deze optie maakt het mogelijk om een gedeelte van een alignment te exporteren op basis van de stamnaam.

Open een fasta alignment en geef een naam voor de geselecteerde sequentie. Stel het bestand bevat soorten van de genera Candida, Saccharomyces, Cryptococcus.
Exporteer alleen Candida: type 'Candida' in het 'Export sequences' veld zonder de aanhalingstekens.

Als de beginregel van de sequentie informatie bevat gescheiden dor een 'split character' dan is het mogelijk sommige gegevens weg te laten door 'Reduce strain info' aan te vinken.
Stel de beginregel bevat: >KT3054-4|Candida albicans|Metznikoviaceae|Saccharomycotina

Hier wordt | als 'split character' gebruikt. Selecteer dit teken. Een lijst wordt weergegeven van de verschillende items met een checkbox ervoor.
Vink het nummer KT3054-4 en naam 'Candida albicans' aan om alleen deze gegevens van alle geselecteerde sequenties te exporteren.

Klik op 'Export selection'. Het totaal aantal geëxporteerde sequenties wordt aangegeven.

Door 'Append to list' aan te vinken kan eventueel een volgende zoekopdracht aan het bestand worden toegevoegd.
Zo niet, dan zal een volgende zoekopdracht de vorige selectie overschrijven.

 

Likelihood mapping analysis

 

Dit programma is een onderdeel van IQ-tree en calculeert de betrouwbaarheid van een alignment.

Merge two sequence files




Dit programma is een onderdeel van MAFFT en combineert twee fasta files en start een alignment met MAFFT parameters.

Convert sequence format

Er zijn verschillende conversie-programma's waaronder 'ReadSeq'. Een goede applicatie via internet is ALTER.